Fen Edebiyat Fakültesi 16.07.2003 tarih ve 25170 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 03/5867 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Atatürk Üniversitesi’ne bağlı olarak kurulmuştur.

Yüksek Öğretim Kurumu’nun 28.09.2004 tarihli Yürütme Kurulu toplantısında alınan kararla Atatürk Üniversitesi, Erzincan Fen Edebiyat Fakültesi bünyesinde Matematik ve Türk Dili ve Edebiyatı Bölümleri’nin açılması kararlaştırılmış ve 2004–2005 öğretim yılında ek kontenjanla öğrenci alınarak bu bölümlerde eğitim-öğretime başlanmıştır.

Erzincan Üniversitesi’nin 01.03.2006 tarih ve 5467 sayılı Kanunla tüzel kişilik kazanmasıyla, Fakültemiz Erzincan Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi adını almıştır. 2007 yılında fakülte bünyesine Biyoloji, Fizik, Kimya, Coğrafya ve Tarih, 2015 yılında Çeviribilim, 2016 yılında Sosyoloji ve Çağdaş Türk Lehçeleri ve Edebiyatları, 2017 yılında da Felsefe ve Psikoloji bölümleri kurulmuştur. Bunlar arasından Biyoloji, Fizik ve Kimya Bölümlerine 2009-2010 eğitim-öğretim yılında öğrenci alınmaya başlanmış, aynı yıl Matematik, Tarih ve Türk Dili ve Edebiyatı Bölümlerinde İkinci Öğretim programı açılmış ve öğrenci kabulüne başlanmıştır. 2018 itibariyle yalnızca Türk Dili ve Edebiyatı ile Tarih bölümlerinde ikinci öğretim programı faal bulunmaktadır. Hâlihazırda Türk Dili ve Edebiyatı, Tarih, Matematik, Fizik, Kimya, Biyoloji, Sosyoloji ve Coğrafya bölümlerinde eğitim öğretim devam etmekte; bütün bölümlerde de araştırma faaliyetleri yürütülmektedir.